Діяльність Методичної комісії ННІ Екології здійснюється у таких напрямках:
впровадження рекомендацій Науково-методичної ради Університету на ННІ Екології;
узагальнення прогресивного досвіду та подання пропозицій Вченій раді інституту щодо впровадження сучасних інформаційних технологій та інноваційних методів навчання;
сприяння підготовці навчально-методичної літератури науково-педагогічними працівниками інституту, розгляд і надання рекомендацій для її опублікування;
координація роботи кафедр у підготовці навчально-методичної літератури;
сприяння підвищенню професійного рівня викладацького складу інституту;
удосконалення організаційного та методичного забезпечення навчально-виховного процесу, його інтенсифікація на основі впровадження сучасних методів навчання, прогресивних освітніх та новітніх інноваційних технологій.